Wegen seiner massiven Probleme mit Autoritäten hat es Navy-Pilot Pete Mitchell nie geschafft, eine grosse Karriere beim Militär zu machen. Als er erneut Probleme macht, wird er kurzerhand an seine alte Elite-Flugschule „Top Gun“ versetzt. Dort soll er junge Piloten ausbilden und auf eine gefährliche Mission vorbereiten: Das Team soll aus der Luft das schwer bewachte Nuklearprogramm eines Schurkenstaates zerstören. Für das anspruchvolle Training bleiben Pete Mitchell nur drei Wochen.